文学系
文学系の同人誌は、とくに中核となる催事などは有さず、既存の商業文芸誌における批評や口コミによる情報交換が行われている状況にある。一部の文学賞は同人誌での発表を条件としたものもあり、執筆者にとって出版および投稿の価値は高い。日本文学で作家個人の経験が重要となる私小説が大きな位置を占めることから、地域的な繋がりの強い同人誌も多く見られる。漫画・アニメと比較してインターネット等を活用する割合は低いが、インターネットを利用し、地域を越えた交流の試み（小説投稿サイト）も徐々に始まっている。
散文
小説、特に近代の日本文学では、主に純文学において、同じ思想を持つ人が集まり同人誌を発行した。尾崎紅葉ら硯友社の人々によって作られた『我楽多文庫』は日本最初の文学同人誌である[1]。硯友社には山田美妙、川上眉山、巖谷小波、広津柳浪などの人々が集い、当時の文学界で大きな存在感を示していた。他には武者小路実篤・志賀直哉・有島武郎らによる『白樺』などが有名である。戦後まもなくのころには、労働組合につくられた文学サークルが、自分たちの雑誌を出すことが多かった。その名残は、旧官公労系統の組合に残っている。しかし純文学系の同人誌はその後衰退し、文壇への影響も微小なものになった。『文学界』が2008年限りでの同人雑誌評からの撤退を表明したことで、2009年段階では、〈同人雑誌評〉のコーナーと、その中での優秀作を転載するシステムがある文芸雑誌は、『民主文学』のみとなってしまう。
エンターテイメント系では、小松左京、筒井康隆、星新一など著名な執筆者が見られる日本最古のSF同人誌『宇宙塵』などが挙げられる。SFにおいては同人誌から育った作家も多く、その点では漫画同人誌との類似も見られる。
韻文
俳句・短歌、詩にも同人誌は見られる。俳句、短歌の作者の多くは「結社」と呼ばれる会に所属し、その機関誌に作品を発表するが、これらは「結社誌」と呼ばれ「同人誌」とは区別される。俳句、短歌において「同人誌」とは結社内または超結社の小グループにより発行される雑誌をいう。短歌同人誌には『幻想派』、『反措定』、『ジュルナール律』などがあった。代表的な短歌結社誌には『アララギ』（廃刊）、『心の花』、『玲瓏』、『短歌人』など、俳句結社誌には『ホトトギス』、『海程』などがある。韻文の場合、一作品の長さが非常に短いことから、長期にわたって書き溜めた作品について個人の作品集（歌集、句集、詩集）という形態で出版し、世に問うことが多い。
漫画・アニメ系
文学界に遅れて、漫画界においても漫画家志望者の同人によるサークル（同人サークル）が形成され、同人誌が発行されるようになる。それまでも知り合い同士が原稿を見せあう事はあったが、同人が地域を越えたのは、1953年に石ノ森章太郎が月刊誌「漫画少年」の投稿仲間を集め「東日本漫画研究会」を作ったあたりからと見られる。その後、1967年に発刊された「COM」（1971年休刊）の読者交流ページによって、漫画同人の結成がいっそう進んだ。初期には資金力の問題から主に肉筆回覧誌（生原稿を綴じて一冊に製本し、回覧する「印刷物ではない同人誌」）で製作された。
学漫
こうした動きと並行して、1954年創部の明治大学漫研を始めとして大学の漫画研究会の創部が相次ぎ、それは高校にも波及する。これら学校系の漫研（以下学漫）は、相対的に豊富な資金力によってかなり初期からオフセット印刷による同人誌製作を行っていた。学校という場を共有しているだけの同人による学漫の同人誌は、近隣の飲食店や文具店の広告が入りがちで、内容はよく言えばバラエティに富んだ、悪く言えばバラバラな作品であることが多い（阿部川キネコの『辣韮の皮』1巻の巻末に収録された仮想の学漫同人誌にその特徴が捉えられている）。
ファンサークル
これら創作系の同人とは別に、漫画ファンによるファンサークルや批評系サークルも作られ、1972年の『ガッチャマン』『海のトリトン』から活発化するアニメのファンサークルなども細々とではあるが同人誌を発行するようになる。このようなサークルによる同人誌を「ファンジン」とも呼ぶ。現在の二次創作同人誌は、これの拡大解釈によって作られている。
学術・評論系
独自に研究・取材した成果等を本にして発行している団体などもある。その一つが学校のサークル活動・部活動のひとつである鉄道研究部・研究会である。大学祭のときに無料で配布されるものから、一般書店の鉄道コーナーで販売されるものまである。部誌は白黒の単色刷りのものが多いが、一部にカラー刷りのものもある。内容は取材の成果（写真・データなど）や旅行記などがある。近年では、評論系ジャンルが注目されはじめ、駅弁めぐり、地方土産、毒物飲料（地方限定発売のマズイ飲料を指す）、メカ・ミリタリー、自動車・バイク（いわゆる「名車」に分類されないマイナー車種について掘り下げるなど）などを中心に非常に広範囲に専門誌の内容を凌駕するような同人誌をも発行されるようになった。
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